十三届全国人大通过《中华人民共和国宪法修正案》，将生态文明历史性地写入《宪法》，从国之根本大法的高度对生态文明建设提出了要求。生态文明建设已经成为一个综合的系统工程，要求进行相应机构建设，落实相关的制度、机构和职能安排。
党的十九届三中全会颁布的《中共中央关于深化党和国家机构改革的决定》指出：“转变政府职能，优化政府机构设置和职能配置，是深化党和国家机构改革的重要任务。” 完善政府在生态环境保护方面的职能，优化环保机构设置，是政府机构改革的重要任务。此次组建自然资源部与生态环境部可谓相当及时，这主要体现在以下两个方面：
一是我国过去的生态环境保护体制、机制存在权责不明、多头执法、效率低下等问题。原来的资源保护职能按资源门类分散在发改委、国土、水利、农业、林业等部门，在污染防治领域，由于环保机构成立时间较晚，原先的管理职能分散在发改委、林业、农业等部门。即使在环保部成立后，原部门的环保职能加上解决新问题的各种行政授权，使得“以部为单位”甚至“以司为单位”的决策模式广泛存在，环境政策存在分散、重复，甚至冲突的局面。
组建自然资源部，将过去分散在发改委、住建部、水利部、农业部、国家林业局等部门的自然资源的调查和确权登记整合，统一行使用途管制和生态修复的职责，有利于对山水林田湖进行整体保护、系统修复和综合治理。组建生态环境部，统一负责生态环境监测和执法工作，监督管理污染防治、核与辐射安全。这从总体上提升了政府工作的行政效率和水平，也实现了管理权和执法权的有效分离：自然资源部统一行使全民所有自然资源资产管理者的职责，而生态环境部统一行使生态环境监测和执法职能，这就明确了两者的分工，对于进一步推动生态文明建设具有重要意义。
二是在此次机构改革之前，政府生态保护的职能未能明确体现在机构设置上，对明确权责存在一定阻碍。习近平同志多次指出“生态兴则文明兴，生态衰则文明衰”“好的生态环境是最公平的公共产品，是最普惠的民生福祉。”近年来，国家出台了一系列有关生态保护和补偿修复的文件，如《关于开展生态补偿试点工作的指导意见》《全国生态保护“十二五”规划》《生态保护红线划定指南》等。但是在过去的政府机构职能设置中，生态保护职能往往被包括在政府的公共服务职能中，并不单列。
此外，人们往往将“生态”与“环境”混为一谈，这客观上不利于生态文明建设。例如，在探索建立绿色GDP核算体系过程中，只将资源消耗和环境污染损失的因素纳入其中，而将生态因素混同于环境因素，或者将生态因素归入环境因素，致使生态效益、生态价值、生态补偿在该核算体系中未能得到应有的体现。
其实，党的十八大报告在谈及“生态文明制度建设”时，明确要求“要把资源消耗、环境损害、生态效益纳入经济社会发展评价体系”。2013年环保部颁布的《全国生态保护“十二五”规划》和2017年国务院出台的《生态保护红线划定指南》都体现了生态保护在建设生态文明中的重要性，然而在此次机构改革之前，这一重要性并未体现在政府机构名录上。
此次《深化党和国家机构改革方案》明确将生态环境保护和经济调节、市场监管、社会管理，以及公共服务一并列为政府职能，并在组建自然资源部和生态环境保护部中明确了资源、生态保护和环境保护的关系，将生态保护职能正式落实于政府机构职能设置上，对于贯彻十九大精神，全面推进生态文明建设具有重大意义。
